谢应芳著有《辨惑编》、《思贤录》、《龟巢稿》、《怀古录》、《毗陵续志》、《龟巢诗文钞》、《龟巢词》等。最能反映他学养与思想倾向的是《武阳志馀》卷十儒林类中记载他的一些轶事。他在苏州一带避难时请求官府黜退吴江三高祠（纪念战国时期越国范蠡、晋代张翰、唐代陆龟蒙）中的范蠡；而要求修葺三国时东吴名相顾雍的墓莹。在故乡则显扬武进林庄邹忠公浩墓，去掉学官中的土地祠。他主张禁止民间办丧事时做佛事等迷信活动、还向周郎中（正五品官）上书陈述开荒等五件事并向何太守请求减少水脚之征，事事都有利民生民风。

　　谢应芳最著名的著作是《辨惑编》。《辨惑编》的主要内容是反佛、道，这也是理学理论的精华所在。这既是他个人思想体系的体现，也是理学的合理内核在常州地区的传承。谢应芳认为，生、死为自然之理。他斥老、庄、仙、佛（此处所言老、庄，非先秦时期的老子、庄子，而是被道教改造过、并奉为道教之祖的老、庄）之说为异端，致力于破除鬼神、禁忌、禄命等迷信，认为“古之为异端邪说者众矣，若老庄仙佛之流，自秦汉以来，惑世尤甚”，“邪说害正，人人得而攻之”（《辨惑编·异端》）。他还指斥道教的斋醮仪式说：“道家以老子为理由，书亦未尝有设醮之论也，至宋徽宗妄意求福，命羽流为之，未及倾危宗社，流落金国，所求之福，竟何有哉！二君昏迷不明物理，特以此为缁黄衣食之计焉耳。”（《与王氏诸友论斋醮书》）理论锋芒直指宋徽宗，认为北宋亡国，与宋徽宗相信道教有关。是“妄意求福”，是“倾危宗社”，是“昏迷不明物理”，所以最后“流落金国”，“为缁黄衣食之计（当阶下囚）”。同时，谢应芳还以明天历年间大疫为例，大疫来临，病人众多，凡“务求医药，不事祈祷”者，大都活了下来，而那些求神保佑的，却都死掉了。认为这充分说明了佛道的虚伪性。 《辨惑编》是中国古代朴素唯物主义的重要著作，在明初有极大的影响。后世论及元明之际，无论是思想史、哲学史，谢应芳的《辨惑编》是必提的著作。

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